Ông gia nhập Đảng cộng sản Việt Nam ngày 28 tháng 11 năm 1988.

Từ tháng 08 năm 1985 đến tháng 11 năm 1985, ông là Chiến sĩ, Tiểu đoàn 5, Sư đoàn 441, Quân khu 4.

Từ tháng 12 năm 1985 đến tháng 08 năm 1986, ông là Học viên đào tạo Tiểu đội trưởng, Tiểu đoàn 13, Sư đoàn 441, Quân khu 4.

Từ tháng 09 năm 1986 đến tháng 11 năm 1989, ông là Học viên, Trường Đại học Nguyễn Huệ.

Từ tháng 12 năm 1989 đến tháng 11 năm 1990, ông là Trung đội trưởng, Tiểu đoàn 1, Trung đoàn 1, Sư đoàn 2, Quân khu 5.

Từ tháng 12 năm 1990 đến tháng 03 năm 1993, ông là Đại đội phó Quân sự, Tiểu đoàn 1, Trung đoàn 1, Sư đoàn 2, Quân khu 5.

Từ tháng 04 năm 1993 đến tháng 02 năm 1995, ông là Đại đội phó Quân sự, Tiểu đoàn 3, Trung đoàn 1, Sư đoàn 2,Quân khu 5.

Từ tháng 03 năm 1995 đến tháng 10 năm 1999, ông là Đại đội trưởng, Tiểu đoàn 3, Trung đoàn 1, Sư đoàn 2, Quân khu 5.

Từ tháng 11 năm 1999 đến tháng 08 năm 2000, ông là Tiểu đoàn phó Quân sự, Tiểu đoàn 3, Trung đoàn 1, Sư đoàn 2, Quân khu 5.

Từ tháng 09 năm 2000 đến tháng 02 năm 2002, ông là Học viên Hoàn thiện Đại học, Trường Đại học Nguyễn Huệ.

Từ tháng 03 năm 2002 đến tháng 08 năm 2004, ông là Tiểu đoàn trưởng, Tiểu đoàn 1, Trung đoàn 1, Sư đoàn 2, Quân khu 5.

Từ tháng 09 năm 2004 đến tháng 07 năm 2006, ông là Học viên đào tạo cấp Trung đoàn, sư đoàn,Học viện Lục quân (Việt Nam).

Từ tháng 08 năm 2006 đến tháng 04 năm 2008, ông là Trợ lý Ban Tác huấn, Phòng Tham mưu, Bộ CHQS Quảng Bình.

Từ tháng 05 năm 2008 đến tháng 09 năm 2011, ông là Phó trưởng ban Tác huấn, Phòng Tham mưu, Bộ CHQS Quảng Bình.

Từ tháng 10 năm 2011 đến tháng 10 năm 2012, ông là Trưởng ban Tác huấn, Phòng Tham mưu, Bộ CHQS Quảng Bình.

Từ tháng 11 năm 2012 đến tháng 08 năm 2013, ông là Trung đoàn trưởng, Trung đoàn 996, Bộ CHQS Quảng Bình.

Từ tháng 09 năm 2013 đến tháng 09 năm 2014, ông là Chỉ huy trưởng Ban CHQS thành phố Đồng Hới, Bộ CHQS Quảng Bình.

Từ tháng 10 năm 2014 đến tháng 02 năm 2015, ông là Phó Chỉ huy trưởng, kiêm Tham mưu trưởng Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Quảng Bình.

Từ tháng 03 năm 2015 đến tháng 04 năm 2019, ông là Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy quân sự tỉnh Quảng Bình.

Học viên đào tạo Cao cấp lý luận chính trị tại Học viện Chính trị (9/2016 – 01/2017).

Học viên đào tạo cao cấp Quân sự địa phương tại Học viện Quốc phòng (03/2018 – 07/2018).

Ngày 20 tháng 5 năm 2019, Thủ tướng Chính phủ Nguyễn Xuân Phúc có Quyết định số 593/QĐ-TTg về việc bổ nhiệm Đại tá Nguyễn Văn Man, Chỉ huy trưởng Bộ CHQS tỉnh Quảng Bình giữ chức Phó Tư lệnh Quân khu 4, Quân đội nhân dân Việt Nam.[6]

Ngày 24 tháng 6 năm 2019, ông bàn giao chức trách, nhiệm vụ Chỉ huy trưởng Bộ CHQS tỉnh Quảng Bình cho Đại tá Lê Văn Vỹ, Phó Chỉ huy trưởng kiêm Tham mưu trưởng Bộ CHQS tỉnh Quảng Bình.[7]

Ngày 11 tháng 7 năm 2019, tại kỳ họp thứ 10 Hội đồng nhân dân tỉnh Quảng Bình khóa 17, Hội đồng nhân dân đã miễn nhiệm chức danh Ủy viên UBND tỉnh Quảng Bình, nhiệm kỳ 2016-2021 đối với Thiếu tướng Nguyễn Văn Man, nguyên Chỉ huy trưởng Bộ Chỉ huy Quân sự tỉnh Quảng Bình, nguyên Ủy viên Ban Thường vụ Tỉnh ủy Quảng Bình, do ông đã chuyển công tác khác.[8]

Ngày 17 tháng 10 năm 2020 Tổng Bí thư, Chủ tịch nước Nguyễn Phú Trọng đã truy tặng Huân chương Bảo vệ Tổ quốc hạng nhất cho 2 tướng quân đội gồm: Thiếu tướng Nguyễn Văn Man, Phó tư lệnh Quân khu 4 và Thiếu tướng Nguyễn Hữu Hùng, Phó cục trưởng Cục Cứu hộ Cứu nạn, Bộ Tổng tham mưu Quân đội nhân dân Việt Nam.

Đại biểu Quốc hội Việt Nam nhiệm kì 2016-2021

Kì họp thứ hai

Ngày 22 tháng 5 năm 2016, Nguyễn Văn Man trúng cử Đại biểu Quốc hội Việt Nam khóa 14 tại đơn vị bầu cử sô1 tỉnh Quảng Bình gồm thị xã Ba Đồn và các huyện Minh Hóa, Tuyên Hóa, Quảng Trạch, được 188.441, đạt tỉ lệ 82,65%.

Ngày 7 tháng 11 năm 2016, thảo luận về dự án Luật quản lý sử dụng vũ khí, vật liệu nổ và công cụ hỗ trợ, ông cho rằng "không cần thiết phải giao việc nghiên cứu, chế tạo, sản xuất, kinh doanh, sửa chữa vũ khí cho các tổ chức, doanh nghiệp Bộ Công an" mà "nên dồn nguồn lực cho Bộ Quốc phòng để tránh tình trạng đầu tư dàn trải” và làm tăng biên chế nhân viên.[9]

Bảo vệ người tố cáo

Sáng ngày 24 tháng 5 năm 2018, tại biểu Thảo luận về dự án Luật Tố cáo (sửa đổi) tại kỳ họp thứ 5, Quốc hội khóa 14, ông cho rằng cần bảo vệ người tố cáo, vì "ngay cả khi việc tố cáo đã được giải quyết thì người tố cáo cùng người thân của họ vẫn có thể bị đe dọa, nguy hiểm".[10]